Caratterizzazione intravarietale e sanitaria di cloni di vite della varietà primitivo e studio della risposta alle infezioni virali
Obiettivo generale della ricerca
Determinazione dello stato sanitario “assoluto” e allo sviluppo di profili di piccoli RNA per la identificazione di cloni di vite in omologazione caratterizzanti la variabilità intra-varietale di un vitigno autoctono pugliese, possedenti differenti caratteristiche agronomico/produttive e utili per diversi obiettivi enologici. In parallelo lo studio dei profili di piccoli RNA, corredato da studi trascrittomici, ha permesso l’analisi del ruolo di 2 loci “trans-acting small interfering RNA 4 (TAS4)”. L’idea progettuale ha condotto alla valorizzazione di cloni del vitigno selezionato, mediante la definizione di uno stato sanitario superiore rispetto agli standard di mercato e alla identificazione di pattern di piccoli RNA utili alla loro identificazione, con ciò superando i limiti delle attuali tecniche molecolari
Principali risultati prodotti
Report di identificazione dei miRNA differenzialmente espressi e validazione in qRT-PCR (Rapporto)
Report di validazione in qRT-PCR (Rapporto)
Database di sequenze di smallRNA da 4 cloni di vite (Database)
Database di sequenze di mRNA da 4 cloni di vite (Database)
Principale know-how prodotto
Valorizzazione di cloni del vitigno selezionato, mediante la definizione di uno stato sanitario superiore rispetto agli standard di mercato
Identificazione dei cloni anche a fini commerciali, superando i limiti delle attuali tecniche molecolari per la caratterizzazione intravarietale delle varietà di vite
Incremento delle conoscenze del ruolo dei loci TAS4 e geni MYB nella biosintesi dei bioflavonoidi e nella risposta alle infezioni virali
Sfida sociale: Gestione e sviluppo di cicli di colture
Le attività progettuali stanno portando a dei risultati che contribuiscono ulteriormente alla conoscenza di quelli che sono i meccanismi metabolici e fisiologici alterati in risposta alla presenza di infezioni ad opera di noti agenti virali, all'interno di un vitigno, quale il Primitivo, molto importante per il comparto vitivinicolo della Puglia. L'approccio con metodiche di nuova generazione consente di ottenere una conoscenza ad ampio spettro delle variazioni a carico di tutto il pool di geni/ trascritti ovvero del trascrittoma di uno specifico clone in determinato stato sanitario noto in modo assoluto. In particolare le vie metaboliche alterate sono di fondamentale importanza nel processo di maturazione delle bacche del vitigno, pertanto, tale conoscenza rappresenta un ulteriore stimolo alla necessità di tutela dello stato sanitario dei diversi ecotipi locali che si vogliono introdurre nella procedura di omologazione di nuovi cloni di qualità. L'identificazione dei cloni di interesse potrà avvantaggiarsi dell'individuazione di varianti a singolo nucleotide (SNV) specifiche per i cloni di interesse
Collaborazioni internazionali rilevanti attivate
- DIVAS - Deep Investigation of Virus Associated Sequences (Partecipazione a reti nazionali ed internazionali)
Utilizzo di uno dei dataset di sequenze di piccoli RNA nel proficiency test condotto fra diversi laboratori e su diversi set di dati al fine di identificare eventuali virus/viroidi presenti nei dataset
Collaborazioni nazionali rilevanti attivate
- Fondazione Edmund Mach (Collaborazione scientifica)
Collaborazione scientifica
Collaborazioni regionali rilevanti attivate
- CRSFA - Centro di Ricerca, Sperimentazione e Formazione in Agricoltura Basile Caramia (Collaborazione scientifica)
Accesso alle piante dei cloni di vite in esame conservate in specifiche collezioni
- CNR - IPSP (Collaborazione scientifica)
Definizione dello stato sanitario di 40 cloni di vitigni autoctoni Pugliesi mediante analisi di librerie di small RNA, assistenza all’analisi bioinformatica
- Sinagri srl (Partnership)
Produzione ed assistenza all’analisi bioinformatica di librerie di RNA messaggeri estratti da bacche di uva rosse
- Chiumenti M., Morelli M., Giampetruzzi A., Palmisano F., Savino V.N., La Notte P., Martelli G.P., Saldarelli P. (2015) Detection and molecular characterization of a badnavirus in an autochthonous grape from Apulia (Italy). Journal of plant pathology
- Giampetruzzi A., Morelli M., Chiumenti M., Savino V.N., Martelli G.P., La Notte P., Palmisano F., Saldarelli P. (2015) Adoption of high throughput sequencing for assessing the outright sanitary status of certified grapevine clones and rootstocks. Journal of plant pathology
- Chiumenti M., Giampetruzzi A., Morelli M., Savino V.N., Martelli G.P., La Notte P., Palmisano F., Saldarelli P. (2016) Detection and molecular characterization of a Grapevine Roditis leaf discoloration-associated virus (GRLDaV) variant in an autochthonous grape from Apulia (Italy). Virus Gene
- Saldarelli P., Giampetruzzi A., Maree H. J., Al Rwahnih M. (2017) High-Throughput Sequencing: Advantages Beyond Virus Identification. Grapevine Viruses: Molecular Biology, Diagnostics and Management
- Giampetruzzi A., Chiumenti M., Minafra A., Saldarelli P. (2018) Small RNA Isolation from Tissues of Grapevine and Woody Plants. Viral Metagenomics
Giampetruzzi Annalisa
AGR/12 Patologia vegetale
Dipartimento di Scienze del suolo, della pianta e degli alimenti
Università degli Studi di Bari "Aldo Moro"
